Vorige aflevering | Search TidBITS | TidBITS Homepage | Volgende aflevering

TidBITS#622/25-Mar-02

Mis je Mac OS 9 functies in Mac OS X? Lees Adam's overzicht van Mac OS X utilities die dat Mac OS 9 gemak terugbrengen. Mark Anbinder bericht over Apple's aankondigingen tijdens Macworld Tokyo: een 23" LCD display, een 10 GB iPod, Bluetooth ondersteuning, en iMac prijsstijgingen. Daarna Gideon Greenspan met een verslag over computergebruik in biologie. Tot besluit twee belangrijke Mac OS X releases: Retrospect 5.0 en Mailsmith 1.5.

Onderwerpen:

Copyright 2002 TidBITS Electronic Publishing. All rights reserved.
Informatie: <[email protected]> Opmerkingen: <[email protected]>

-> Denk je dat TidBITS interessant is voor <-
-> je vrienden, kennissen, collega's? Geef <-
-> hen de tip zich ook GRATIS te abonneren <-
-> of stuur deze aflevering naar hen door! <-

Je kunt je gratis abonneren op de Nederlandse afleveringen van TidBITS door een (blanco) mailtje te sturen naar: [email protected]. Je krijgt deze dan per e-mail toegestuurd.
Om je abonnement op te zeggen, kun je een mailtje sturen naar: [email protected].

Deze editie van TidBITS werd gedeeltelijk gesponsord door:

De Nederlandse editie van TidBITS is een letterlijke vertaling van de oorspronkelijke Engelse versie. Daarom is het mogelijk dat een deel van de inhoud niet geldt in bepaalde landen buiten de USA.

Dit nummer werd uit het Engels vertaald door:

Verder werkten mee:

MailBITS/25-Mar-02

[vertaling: HvH]

Retrospect 5.0 voor Mac OS X -- Dantz Development heeft Retrospect 5.0 uitgebracht. Het is geschikt voor zowel Mac OS 9 en Mac OS X en kan van beide systemen een back-up maken. Ofschoon de Herculeaanse taak Mac OS X Macs te ondersteunen Dantz verhinderde nieuwe eigenschappen in Retrospect 5.0 toe te voegen, bevat het een aantal welkome veranderingen. Bestands-back-up sets zijn niet langer beperkt door resource fork grootte, zodat je hard drives als back-up media kunt gebruiken; bestanden groter dan 2 GB kunnen nu worden opgeslagen; en er is ondersteuning voor meer back-up apparaten (waaronder alle huidige Apple optical drives). Retrospect bestaat in vier verschillende versies, elk met verschillende mogelijkheden en prijzen. Alle versies zijn onmiddellijk verkrijgbaar via Dantz; binnenkort verkrijgbaar bij andere verkopers. Franse, Duitse, en Japanse gelokaliseerde versies worden verwacht in het tweede kwartaal van 2002, en internationale gebruikers kunnen nu een Engelse versie kopen om later gratis voor de lokale versie in aanmerking te komen. [ACE]

<http://www.dantz.com/>

Mailsmith, een e-mailprogramma voor OS X -- Mac OS X gebruikers op zoek naar een krachtige e-mail applicatie om Apple's gebundelde Mail programma te vervangen kunnen nu ook terecht bij Bare Bones Software's Mailsmith 1.5. Nieuwe eigenschappen in Mailsmith 1.5 omvatten een-staps filter ontwerp, ondersteuning voor schetsberichten, tekstvertaling van HTML berichten, ondersteuning voor random handtekeningen, het tonen van beeld en film attachments in Mailsmith, een Glossary voor frequent gebruikte tekstfragmenten, betere scripting en grep functionaliteit, toetscombinaties voor scripts en stationery, en meer. Upgrades van eerdere versies van Mailsmith kosten $40 (gratis voor aankopen in 2002); het programma kost $100, met een tijdelijke aanbiedingsprijs van $70 tot 31 mei 2002, waarna het $80 zal kosten voor bezitters van BBEdit, Emailer, of Eudora. Een gratis demo is verkrijgbaar als een 8.2 MB download. [ACE]

<http://www.barebones.com/products/mailsmith.html>

Palm Desktop 4.0 is uit -- Palm, Inc. levert vanaf vandaag Palm Desktop 4.0 voor Macintosh als een gratis download. De nieuwe versie is geschikt voor Mac OS X, ondersteuning voor privérecords, en de mogelijkheid om vCard en vCal bestanden te im- en exporteren. (Als een voorbeeld van vCard gebruik, je kunt de titelbalk icoon rechtstreeks naar de Contacts map van een iPod slepen om het aan het adresboek toe te voegen, een eigenschap toegevoegd aan de iPod 1.1 software update van vorige week.) Palm Desktop 4.0 is een 10 MB download.

<http://www.palm.com/software/desktop/mac.html>

TidBITS stijgt in Best of Mac Web Survey -- In de derde Best of the Mac Web survey van de Low End Mac website, is TidBITS gestegen van 5 naar 3. Net als de vorige keer eindigden we achter VersionTracker en As the Apple Turns, maar deze keer bleven we voor MacSurfer's Headline News en MacFixIt, dat terugviel naar de 10de plaats (Low End Mac speculeerde dat deze val te maken had met MacFixIt's nieuwe inschrijvingsmodel). Andere opmerkelijke veranderingen: de stijging van de Mac Minute news site van 11 naar 6, en de val van The Mac Show van 15 naar 50 na het vertrek van Shawn King, wiens nieuwe Your Mac Life radioshow op 18 staat. Ofschoon de Best of the Mac Web survey niet meer is dan een populariteitspoll, zijn de veranderingen elk jaar weer interessant. Dank aan allen die hebben gestemd! [ACE]

<http://lowendmac.com/botmw/020321.html>

New Cinema Display, iPod, Bluetooth, and iMac Prices

door Mark H. Anbinder <[email protected]>
[vertaling: SL]

Apple CEO Steve Jobs heeft in zijn keynote toespraak op de Macworld Expo in Tokyo twee nieuwe producten bekendgemaakt. De huidige reeks platte LCD-schermen is uitgebreid met een Apple Cinema HD Display van 23 inch met 1920 x 1200 pixels. Hij komt volgende maand beschikbaar en zal dan $3.500 kosten. (Vergelijk dit met de 22-inch Apple Cinema Display, die nog steeds beschikbaar is voor $2.500 en die maar 1600 bij 1024 pixels heeft.) Volgens het bedrijf ben je met de scherpte van het nieuwe scherm in staat HDTV (high definition television) digitale videobeelden te bewerken "en dan houd je nog ruimte over". Gelijktijdig hiermee voerde Apple een iPod in met grotere capaciteit. Deze versie van de draagbare MP3-speler kost $500, heeft een interne harde schijf van 10 GB, en is onmiddellijk beschikbaar. Het huidige model met 5 GB blijft beschikbaar voor $400. Voor $50 extra kan elk van beide modellen door Apple Store worden voorzien van een persoonlijke laserinscriptie van twee regels tekst. Elke regel kan uit maximaal 27 tekens bestaan.

<http://www.apple.com/displays/acd23/>
<http://www.apple.com/displays/acd22/>
<http://www.apple.com/ipod/>
<http://db.tidbits.com/getbits.acgi?tbart=06608>

Jobs liet ook al wat zien van de ondersteuning die Apple wil gaan geven van Bluetooth. Deze draadloze communicatietechnologie voor korte afstanden moet persoonlijke electronische apparatuur verbinden, zoals computers, mobieltjes, en persoonlijke digitale assistenten wanneer zij in de buurt komen. Jobs beloofde "een Bluetooth oplossing die echt werkt en eenvoudig te gebruiken is" en zei dat gebruikers van Mac OS X begin april 2002 in staat zullen zijn om gratis voorvertoon programmatuur te downloaden van Apples website om te gebruiken met de D-Link USB Bluetooth adapter, die zelf bij de Apple Store zal worden aangeboden voor $50. Het Bluetooth van Apple zal automatisch andere Bluetooth apparaten herkennen die binnen bereik komen, en aanbieden om er verbinding mee te maken.

<http://www.apple.com/bluetooth/>
<http://www.bluetooth.com/>

Bij dezelfde gelegenheid deed Jobs de verrassende aankondiging dat met ingang van 21 maart 2002, de huidige iMacs met platte schermen $100 in prijs gestegen zijn. Voor orders die voor die datum geplaatst zijn geldt de oude prijs. Jobs verdedigde de prijsverschuiving door te wijzen op de gestegen prijzen van geheugens en platte beeldschermen, en te stellen dat het alternatief nog ongunstiger was, namelijk de oorspronkelijke prijs vast te houden maar de kenmerken terug te schroeven. Gegeven de vraag naar de nieuwe iMac denken we niet dat de prijsstijging fataal is: Apple zegt dat het 125.000 nieuwe iMacs verscheept heeft sinds het model in januari werd ingevoerd en dat het nu 5.000 iMacs per dag verscheept.

<http://www.apple.com/pr/library/2002/mar/20imac.html>

De beste Mac OS X Utilities: Het herstellen van Mac OS 9's functionaliteit

door Adam C. Engst <[email protected]>
[vertaling: LmR, TK, MSH]

Iedereen weet dat de belangrijkste groep mensen voor Apple bestaat uit ontwikkelaars van kleine utilities. Een aantal jaar geleden zag Apple de Mac-markt stagneren omdat elke denkbare utility eigenlijk al ontwikkeld was. In het besef dat drastische maatregelen geboden waren om de zaak te redden, verving Apple het Mac OS door het op NeXTstep gebaseerde Mac OS X, in de hoop Mac ontwikkelaars de mogelijkheid te bieden om de functionaliteit van van Mac OS 9 te herstellen onder Mac OS X en diens gebrekkige interface uit te breiden, Unix hackers het Mac-kamp binnen te lokken en een markt te creëeren voor de zeven NeXT utility ontwikkelaars.

Sarcasme daargelaten is de hoeveelheid utilities voor Mac OS X de laatste tijd inderdaad explosief toegenomen. Tijdens de voorbereidingen voor dit artikel, vroegen we bezoekers van TidBITS Talk hun aan te raden utilities en de respons was overweldigend - zo veel zelfs dat we sbeloten een aantal artikelen te publiceren over dit onderwerp; dit artikel zal zich riochten op utilities die de functionaliteit van Mac OS 9 herstellen onder Mac OS X. Lees de discussies in TidBITS Talk voor een ongefilterd overzicht van wat er allemaal op handen is.

<http://db.tidbits.com/getbits.acgi?tlkthrd=1497+1600>

Zonder dralen geven we hier de beste utilities voor het herstellen van Mac OS 9 functionaliteit in Mac OS X, hoewel we erbij zeggen dat deze lijst niet moet worden gezien als volledige recensies - we hebben gewoonweg niet genoeg ervaring met iedere utility. Als we jouw favoriete utility zijn vergeten, breng het dan ter sprake bij TidBITS Talk.

WindowShade X -- De vensterklap functionaliteit die sinds Systeem 7.5 onderdeel is van het Mac OS is eigenlijk afgeleid van een los regelpaneel voor Systeem 6 van Robert Johnson. Dubbelklik de titelbalk van een venster of klik op de inklapknop en het venster "rolt op" in de titelbalk. Je kan de titelbalk nog steeds overal op het scherm parkeren; het is een zeer efficiënte manier van het verminderen van ruimte, ingenomen door de vensters. Mac OS X heeft deze aanpak stilgezet ten gunste van het minimaliseren van vensters tot Dock iconen. Helaas heeft deze aanpak in Mac OS X tot gevolg dat het Dock snel volloopt en kan het soms lastig zijn onderscheid te maken tussen de verschillende geminimaliseerde vensters. Maar met Unsanity's WindowShade X krijg je alles terug wat onder Mac OS 9 kon en meer. Er zijn vier methoden om WindowShade X in te schakelen (de minimaliseerknop, het dubbelklikken van de titelbalk, het Control-dubbelklikken van de titelbalk en het indrukken van Command-M) en elke methode kan het venster laten minimaliseren tot Dock-icoon, de titelbalk oprollen, het venster doorzichtig maken of de applicatie verbergen. Hoewel je de mate van doorzichtigheid van de vensters kan instellen, vind ik die optie, zoals bijna alle transparantiefuncties in Mac OS X, eigenlijk alleen maar vervelend. WindowShade X is shareware, kost $7 en is een download van 374K.

<http://www.unsanity.com/haxies.php>

ASM & X-Assist -- In Mac OS X probeerde Apple het Dock te veel te laten doen - het was een applicatiestarter, een lijst van actieve applicaties, en meer. In Mac OS 9 was dit anders: de lijst van actieve applicaties, in het bijzonder, zat altijd verborgen in het applicatiemenu van de menubalk. In Mac OS X vind je hier de klok en andere menubalkpictogrammen totdat je ASM of X-Assist installeert en het applicatiemenu opnieuw zichtbaar wordt in de rechterbovenhoek. In het voorkeurpaneel van ASM kan je instellen of het verschijnt als een pictogram of een menutitel, of als beide, en hoeveel ruimte het menu mag innemen. Via andere instellingen bepaal je hoe de inhoud van het ASM-menu verschijnt, welke speciale commando's (bijvoorbeeld voor het verbergen en tonen van applicaties) verschijnen, enz. Het belangrijkste is wel dat het de venster-layering van Mac OS 9 biedt, waarbij alle vensters van een applicatie samen worden gehouden, zodat bij het klikken op éé!n venster alle vensters van die applicatie naar de voorgrond komen (in Mac OS X gebeurt dit alleen wanneer je op het pictogram van de applicatie in het Dock klikt of naar een andere applicatie overschakelt met Command-Tab). ASM biedt tevens een Single Application Mode, waarbij alle applicaties behalve de actieve worden verborgen. X-Assist biedt grotendeels dezelfde features als ASM met daar nog twee extra features bovenop: de mogelijkheid om een door de gebruiker gedefinieerd hiërarchisch menu van bestanden, mappen en schijven weer te geven (ongeveer zoals in het Apple-menu in Mac OS 9), en ondersteuning voor speciale plug-ins (met de bijgeleverde voorbeelden stel je het volume van je Mac in en geef je MP3-bestanden weer). Beide producten werken blijkbaar, maar verschillende mensen bleken ASM stabieler te vinden. De auteur van ASM, Frank Vercruesse, vraagt een gift als ASM je bevalt; het is een download van 354 K voor versie 2.0.2; X-Assist is gratis en is een download van 291 K.

<http://asm.vercruesse.de/>
<http://members.ozemail.com.au/~pli/x-assist/>

FruitMenu & Classic Menu -- Het Apple-menu was jarenlang een vertrouwd gezicht in het Mac OS, en hoewel Apple het in Mac OS X wijselijk heeft behouden, is het nu nog maar een schim van de oude versie. Twee utilities, Classic Menu van Sig Software en FruitMenu van Unsanity brengen die goede oude tijd terug. Classic Menu is het eenvoudigste van de twee; het geeft gewoon de inhoud van de map Classic Menu Items weer in de map Preferences van je map Library. Plaats hier aliassen naar bestanden, mappen en schijven, en je krijgt iets dat sterk lijkt op het oude Apple-menu wanneer je op het pictogram van het Apple-menu zelf klikt. Via andere nuttige menu-items kan je een alias van een geselecteerd item toevoegen aan de map Classic Menu Items, die map in de Finder openen, en een andere map selecteren. Klik net naast het pictogram van het Apple-menu voor het standaard Mac OS X Apple-menu (dat nuttige commando's bevat zoals Log Out en Restart). FruitMenu biedt wel dezelfde functies als Classic Menu, maar lijkt meer op Action Menus van Power On Software door het voorkeurpaneel voor het indelen van je Apple-menu en omdat het custom items aanbiedt die anders niet bestaan, zoals een item dat je huidige IP-adres weergeeft. Al bij al voelt FruitMenu een beetje krachtiger aan, en kost het als shareware slechts $7, in vergelijking met $10 voor Classic Menu, maar beide utilities doen wat ze beloven. FruitMenu 1.5.2 is een download van 481 K; Classic Menu is een download van slechts 43 K.

<http://www.unsanity.com/haxies.php>
<http://www.sigsoftware.com/classicmenu/>

SharePoints -- In Mac OS 9 kon je iedere map die je maar wilde, samengebruiken en je kon gebruikers en groepen opzetten, die toegang tot verschillende mappen hadden. Die functionaliteit, weliswaar verscholen aanwezig onder OS X, was niet gemakkelijk toegangkelijk tot het verschijnen van SharePoints. Werkzaam als een op zichzelf staande toepassing of als een Voorkeurs Paneel laat SharePoints je iedere willekeurige map samengebruiken en ontwikkelt gebruikers, die specifieke, gedeelde mappen kunnen bereiken, maar niet kunnen inloggen via Telnet of SSH en geen thuisdirectory hebben. Als kleine toegift laat SharePoints je een basaal bericht opgeven dat vertoond wordt aan aangesloten gebruikers. De auteur vraagt een donatie als je SharePoints leuk vindt. SharePoints 2.0.4 is een 824K download.

<http://homepage.mac.com/mhorn/>

Xounds -- Al heeft Apple alleen maar wat geliefhebberd in interfacegeluiden, de geluidseffecten voorradig voor interfaceakties in het Appearance regelpaneel waren nuttig ter verschaffing van een toegevoegde dimensie voor het gebruik van het Mac OS. Deze verdwenen in Mac OS X, maar Unsanity's Xounds brengt veel daarvan terug. Xounds biedt het importeren aan van bestaande geluiden sets (echter importeren van een set van derden en het heen en weer schakelen met de geluiden van Mac OS 9 deed Xounds zijn werking staken totdat ik Xounds opnieuw installeerde), en geeft ongeveer dezelfde mate van controle als die je in Mac OS 9 had. Je kunt kiezen om geluidseffecten verbonden aan menus, vensters, regelingen en de Finder, te laten horen, maar verslepen van geluiden wordt nog niet ondersteund. Xounds 1.1.2 is een 384K download; het is $7 shareware en werkt maar een uur bij ongeregistreerde login.

<http://www.unsanity.com/haxies.php>

Wordt Vervolgd --Besef dat ik deze gereedschappen alleen maar baseerde op het feit dat ze eigenschappen aan Mac OS X terugbrachten, die in een standaard installatie van Mac OS 9 al bestonden. In toekomstige afleveringen van deze serie bekijk ik gereedschappen die de nieuwe mogelijkheden van Mac OS X op makkelijke en interessante manieren uitbreiden, gereedschappen die dingen voor Mac OS X brengen, die al door onafhankelijke ontwerpers waren toegevoegd aanMac OS 9 en gereedschappen die de Unix fundamenten van Mac OS X openbaren in Aqua,

Bioinformatics en de Mac

door Gideon Greenspan <[email protected]>
[vertaling: JG, PEP, JV, DPF]

Diegene van ons die zelfs maar een voorbijgaande belangstelling in wetenschap hebben zijn er aan gewend aan het idee dat computers een centrale rol spelen in begrijpen van natuurkunde en scheikunde, speciaal hoog vermogende berekeningen die gebruikt worden in gebieden zoals weersvoorspelling en moleculaire visualisatie. Over de afgelopen paar jaar is echter een nieuw doel voor die berekeningen ontdekt en is begonnen om media aandacht aan te trekken. Het heet computational biologie (of makkelijker te onthouden, bioinformatics) en het verwijst naar het digitale opslaan, categorisatie, en onderzoek van biologische data.

Als jouw meest recente ontmoeting met biologie plaats vond in het middelbaar onderwijs, zou je verbaasd kunnen zijn door zo'n kruising met computerisering. Alhoewel ik het altijd boeiend vond, herinner ik me dat biologie nooit helemaal de strengheid van z'n tegenhangers in het wetenschap leerplan had. Sommige cellen deden dit, andere cellen hadden dat, en verschillende organismen deden allerlei vreemde dingen, speciaal als ze ontleden werden door overenthusiaste schoolkinderen. Maar er schenen weinig algemene regels te zijn gelijkwaardig in omvang tot de vergelijkingen van Newton of de tijdelijke tabel van de elementen.

Het leven digitaliseren -- Dank zij de wonderen van moleculaire biologie, weten we nu dat veel van die fundamenten bestaan. Een overzicht van sommige van de fundamenten zou een indruk moeten geven van wat dat met zich mee brengt - houdt in gedachten dat we te maken hebben met de natuurlijke wereld met al z'n ingewikkeldheid, dus is alles wat volgt in enorme maten vereenvoudigd.

Het leven zoals wij dat kennen is gecodeerd in een groep van lange moleculen DNA genaamd, waarvan identieke kopieën in iedere cel van een levend organisme zo als een mens gevonden worden. Alles dat gebeurt binnen in een organisme kan terug gevolgd worden naar z'n DNA - net zo als de harde schijf in een computer. In mensen bevat iedere cel 46 afzonderlijke DNA moleculen die chromosomen genoemd zijn, analoog misschien aan harde schijf verdelingen. Jouw chromosomen houden een mengsel van informatie in dat gekopieerd is van die van jouw ouders, wat een reden is waarom je zo veel van hun karaktertrekken meegekregen hebt.

Elke afzonderlijke DNA molecuul bestaat uit een serie van aan elkaar vastzittende nucleotides die één keten vormen van vele millioenen lang. Er zijn maar vier soorten nucleotides, dus elke DNA molecuul kan worden weergegeven als een specifieke samenstelling bestaande uit enkel vier letters. Dit is waar digitalisering belangrijk wordt - de volledige verzameling van menselijke chromosomen kan worden opgeslagen in een paar gigabytes (nog minder na compressie) en je kunt zelfs een actuele schets daarvan downloaden naar je eigen computer.

<ftp://ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/>

Naar de huidige inzichten heeft maar een fractie van al je DNA een functie - de andere 98 percent of zo wordt heel vriendelijk "junk" genoemd. De functionele gedeeltes noemen we genen, het zijn korte delen die rommelig over alle chromosomen verdeeld liggen(denk maar aan gefragmenteerde programma bestanden). Ze zijn niet makkelijk te vinden - op dit moment is het bestaan van ongeveer 15.000 genen vastgesteld, maar de wetenschappers zijn er nog niet uit wat het totale aantal is - schattingen liggen nu in de buurt van 30.000. Er is zelfs een loterij waar je je eigen schatting van het uiteindelijke aantal kunt inbrengen.

<http://www.ensembl.org/Genesweep/>

Genen zijn van belang omdat ze de kern zijn van het productieprocess in de cel dat ze vertaalt naar een andere molecuul die we eiwit noemen. Deze eiwitten zijn verantwoordelijk voor de stofwisseling van een organisme, je kunt het vergelijken met een actief programma. Een eiwit molecuul bevat een serie van aan elkaar verbonden aminozuren die een keten vormen, net zoals de nucleotides samen DNA vormen. Maar, in tegenstelling tot DNA, zijn eiwitten gemaakt van 20 verschillende aminozuren en zijn ze haast nooit langer dan een paar duizend van zulke elementen. De volgordes van die eiwit ketens zijn de digitale data waarmee bioinformatics werkt.

Op welke manier doen deze eiwitten het vele werk dat op hen wacht: cellen bouwen, stoffen vervoeren, signalen afgeven en het zorgvuldig op peil houden van de nodige energie per cel? Als een eiwit aan de waterige inhoud van een cel wordt toegevoegd vouwt het zich op een bepaalde manier op, met een eindeloos groot aantal mogelijke vormen kan het dan door z'n vorm precies aansluiting vinden bij de gezochte andere eiwitten en moleculen, dit start dan als een catalist allerlei chemische reacties op. Het is een hele klus om te voorspellen in welke vorm een bepaald eiwit zich zal vouwen. Elke twee jaar is er wereldwijd een wedstrijd die CASP heet (een afkorting van Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) en die wordt gehouden tussen verschillende groepen onderzoekers, en IBM bouwt z'n allersnelste supercomputer om aan dit probleem te werken, de hoogste verwachting is zelfs dan niet hoger dan één eiwit per jaar.

<http://predictioncenter.llnl.gov/>
<http://www.research.ibm.com/bluegene/>

Nogmaals, dit is niet meer dan een super-vereenvoudigd verhaal. Als je meer van moleculaire genetica wilt weten dan heeft het U.S. Human Genome Project on-line een goede introductie voor jou.

<http://www.ornl.gov/hgmis/publicat/primer/toc.html>

De open source mens -- Nu we onze basisbiologie achter de rug hebben, laten we het hebben over hoe de bioinfomatica zijn toepassing vindt in de reële wereld. Eën bioinformaticatoepassing waarover je waarschijnlijk gehoord hebt is het Human Genome Project. De schijnbaar eenvoudige bedoeling ervan is de ongeveer drie miljard nucleotiden te lezen die de menselijke chromosomenverzameling vormen. Dit is mogelijk door het feit dat, hoewel er miljoenen punten zijn waarin gezonde menselijke DNAsequensen van elkaar kunnen verschillen, ieder van ons identiek is in de 99,9% overblijvende punten. Als je dit beangstigend vindt (of misschien inspirerend), herinner je dan even dat je DNA ook ongeveer voor 99% gelijk is aan die van de chimpansee in je dichtstbijzijnde zoo.

Discussies over het genoomproject begonnen in 1984, maar het duurde tot 1995 vooraleer het werk serieus begon via een internationale samenwerking van staatsgesteunde laboratoria in de VS, het Verenigd Koninkrijk, Frankrijk, Japan, Duitsland en China. Het openbare project evolueerde langzaam tot in 1999 Celera Genomics, een privéinitiatief, het strijdperk betrad. Gewapend met een verbeterde experimentele methode en hopen computercapaciteit, beloofde Celera een eerste kladversie van het genoom af te leveren binnen een jaar. Na heel wat over en weer gegooi met politieke modder, werd een afspraak gemaakt, en de resultaten van beide groepen werden gezamenlijk gepubliceerd in februari 2001.

<http://www.ornl.gov/hgmis/>
<http://www.celera.com/>

Wat heeft dit alles te maken met bioinformatica? Om te beginnen waren computers vereist om de gevonden sequenzen op te slaan en te indexeren, en om ze via het internet ter beschikking te stellen van onderzoekers over heel de wereld. Maar het echte algorithmische probleem kwam van de manier waarop de DNAmolecules gelezen moeten worden. In de biologische wereld bestaat er niet zoiets als een debugger die je toelaat een cel te bevriezen en erin te gaan prutsen om naar believen te observeren en te manipuleren. In plaats daarvan moeten een aantal slim gecombineerde stappen de wetenschapper toegang verlenen tot de verlangde informatie.

Met de huidige laboratoriumtechnieken kunnen slechts ongeveer de eerste 1000 nucleotiden van een DNAmolecule met zekerheid bepaald worden. Langere sequensen worden bestudeerd door verschillende kopieën van de molecule te maken, en deze op te breken in korte fragmenten, die elke apart gelezen worden. De oorspronkelijke ordening van deze fragmenten gaat hierbij verloren, zodat na het lezen de reconstructie van de oorspronkelijke volgorde aangepakt moet worden. Het trekt een beetje op proberen een encyclopedie te reconstrueren die eerst gekopieerd en daarna door een papierversnipperaar gehaald is - het aantal mogelijkheden dat uitgeprobeerd moet worden is enorm. Denk er niet aan dat manueel te proberen - Caldera's wederopbouw van het ontwerp nam ongeveer een week computertijd in beslag, op een array van 56 processors met meer dan 100 GB geheugen.

Het Human Genome Project is een klassiek voorbeeld van een bioinformaticaopgave, en wetenschappers hopen dat de resultaten vele praktische effecten zullen hebben. Een direct gevolg is een verhoogde snelheid in het ontwikkelen van nieuwe geneesmiddelen omdat wetenschappers zich snel kunnen concentreren op eventuele genen die als doelwit kunnen gebruikt worden van geneesmiddelen. Het kan ook verwacht worden dat dit leidt tot een personalisering van de gezondheidszorg, aangezien relaties worden ontdekt tussen de genetische variaties die bij mensen onderling bestaan, en onze vatbaarheid voor bepaalde ziekten of reacties op behandelingen.

In de verre toekomst biedt het uitzicht op de mogelijkheid onszelf te genezen en zelfs te verbeteren door directe manipulatie van ons DNA. Natuurlijk zijn de ethische vragen die hierbij rijzen niet te onderschatten en zouden ons fundamenteel beeld van wat een menselijk wezen is wel eens grondig overhoop kunnen halen. Dit is echter ook een terrein waarop de bioinformatica zal uitblinken: de bewaring, categorisering en analyse van de data belooft de mensen die met deze ethische vraagstukken zullen zijn beter te informeren.

Groeiende Apples -- Hoe interessant het bovenstaande ook mag zijn, vraag je je misschien af wat biologische informatiekunde te doen heeft met de Mac. Macs spelen al een belangrijke rol in dit domein en dat zal waarschijnlijk wel zo blijven. Allereerst heeft de wetenschappelijke gemeenschap een hoog aantal Macintosh gebruikers, net zoals dat bij de meeste andere onafhankelijk denkende individuen het geval is. Dit is vooral het geval geweest in de biologie, waar tot voor kort de grafische kant van een computer belangrijker was dan ruwe rekenkracht.

Desalniettemin had de Mac tot voor kort een belangrijke tekortkoming voor wat betreft de lange-termijns vooruizichten in het veld: de natuurlijke voorkeur voor bio-informatici voor Unix-gebaseerde systemen. Dit is allereerst het resultaat van de verkrijgbaarheid van gratis, betrouwbare Unix-gereedschappen zoals perl en grep, die het platform uitermate geschikt maken voor het verwerken van grote hoeveelheden tekst-georiënteerde gegevens. Verder vind een belangrijk deel van de activiteiten van wetenschappers over Internet plaats omdat de explosie in de informatieverwerkende biologie tegelijk plaatsvond met de introductie van Internet als een mainstream platform voor wetenschappelijke samenwerking. De stabiele en efficiënte implementatie van TCP/IP onder Unix, samen met de gratis Apache webserver, maken Unix een ideaal gereedschap voor het aanbieden van web diensten. Neem een kijkje op de website van de American National Center for Biotechnology Information om te zien wat er allemaal gaande is.

<http://www.bioperl.org/>
<http://www.apache.org/>
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/>

Het zou je duidelijk moeten zijn waarheen dit leidt: Mac OS X, wat snel het standaard Macintosh besturingssysteem zal zijn is niet alleen grotendeels Unix maar ondersteund ook alle Unix gereedschappen, zoals, grep, perl en Apache. Op zichzelf geeft dit nog geen voorsprong op andere Unix platforms, maar als de moderne gebruikersinterface en de mogelijkheid om bureau-applicaties als Microsoft Office en moderne webbrowsers te draaien toevoegen is het niet moeilijk om in te zien waarom Mac OS X de natuurlijke keuze is voor server- en bureaubladsystemen bij bio-informatici. Het is al op meerdere plekken gesignaleerd, zoals in een artikel op het O'Reilly Network en éé op de Apple website. Het is ook meer dan alleen wishful thinking: Genentech, het bedrijf dat een order plaatste voor meer dan 1.000 nieuwe iMacs en wiens voorzitter van de Raad van Bestuur ook in de directie van Apple zit, is één van de grondleggers van de biotechnologie industrie.

<http://www.oreillynet.com/pub/a/mac/2001/12/14/macbio.html>
<http://www.apple.com/scitech/stories/osxporting/>
<http://www.genentech.com/>

Een ander voordeel van Macs is dat de PowerPC G4 processor, door middel van de Velocity Engine processing unit, ideaal is voor veel soorten biologische berekeningen. BLAST (een afskorting voor Basic Local Alignment Search Tool) is waarschijnlijk de meest populaire genormatics tool die er vandaag de dag beschikbaar is. Het neemt de sequentie van een DNA of eiwit molecuul als input en zoekt naar andere bekende moleculen die verwant zijn. De Advanced Computation Group van Apple heeft in samenwerking met anderen een verbeterde versie van BLAST ontwikkeld, waarvan beweert wordt dat het een dual 1 GHz Power Mac G4 tot vijf keer zo snel maakt als een PC met een 2 GHz Pentium 4 processor. Snelle BLAST zoektochten zijn cruciaal voor de biologen van vandaag de dag.

<http://www.apple.com/pr/library/2002/feb/07blast.html>

Probeer dit thuis -- Er is op zijn minst één manier waarop Mac gebruikers betrokken kunnen worden bij deze ontwikkeling. Er bestaat een project onder de naam Folding@Home, ontwikkeld onder dezelfde stijl als het zoekinstrument naar buitenaards leven van U.C. Berkeley, SETI@home. Dit programma laat je bijdragen aan de gezamenlijke inspanning om de fysieke structuur van eiwit moleculen te berekenen. De Mac OS X client van Folding@Home, tegelijk een screensaver en een applicatie, is beschikbaar en toont real-time welke structuren op dat moment getest worden.

<http://folding.stanford.edu/>
<http://db.tidbits.com/getbits.acgi?tbart=05401>

Afgezien daarvan zal deze wereld verre van je blijven, tenzij je een onderdeel bent van deze wetenschappelijke wereld. Denk echter niet dat het daar altijd zal blijven: zelfs als de belofte van het veld maar voor een klein deel ingelost worden zul je er resultaten van gaan zien in je dagelijks leven.

<http://www.ornl.gov/hgmis/education/education.html>
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/>
<http://dmoz.org/Science/Biology/Bioinformatics/Education/>

[In zijn ene leven is Gideon Greenspan de drijvende kracht achter Sig Software, een Macintosh shareware bedrijf dat producten ontwikkeld als Drop Drawers, Classic Menu, Email Effects en NameCleaner. In het andere is hij een Ph.D. student in bio-informatica in het Computer Science afdeling van het Technion instituut in Israel. Hij hoopt ooit deze tweeslachtigheid achter zich te kunnen laten!]

<http://www.sigsoftware.com/>

Niet-winstgevende en niet-commerciële publicaties en Websites mogen artikels overnemen of een HTML link maken als de bron duidelijk en volledig vermeld wordt. Anderen gelieve ons te contacteren. We garanderen de precisie van de artikels niet. Caveat lector. Publicatie-, product- en firmanamen kunnen gedeponeerde merken zijn van hun ondernemingen.

Vorige aflevering | Search TidBITS | TidBITS Homepage | Volgende aflevering